Plenária: UM ALGORITMO BRANCH-AND-BOUND PARA O "MOLECULAR ORDERED COVERING PROBLEM

Palestrante: Carlile Lavor

Resumo: Usando distâncias interatômicas adquiridas através de espectroscopia de Ressonância Magnética Nuclear (RMN), o "Discretizable Molecular Distance Geometry Problem" (DMDGP) desempenha um papel fundamental no cálculo de estruturas 3D de proteínas, com o objetivo principal de validar uma sequência de restrições de distâncias relacionadas aos dados de RMN . Considerando a complexidade crescente de moléculas maiores e mais flexíveis, apresentamos uma nova estratégia de solução do DMDGP através do "Molecular Ordered Covering Problem" (MOCP), que otimiza a ordenação de restrições de distâncias para melhorar a eficiência computacional na resolução do DMDGP. Criamos um algoritmo Branch-and-Bound (BB) para o MOCP, testado em estruturas proteicas sintéticas e reais do Protein Data Bank (PDB). Nossa análise demonstra a eficácia de uma heurística gulosa proposta na literatura, destacando a utilidade do algoritmo BB como mecanismo de validação. Essa pesquisa contribui para os esforços contínuos na análise de estrutura 3D de proteínas, com possíveis implicações em áreas como enovelamento de proteínas, "design" de novos medicamentos e modelagem molecular.